沈阳药科大学后勤基建管理处是学校的行政职能部门，负责对学校后勤工作实施行政管理、协调监督工作。

管理处承担着学校基本建设、维修管理、基础设施运行保障、能源管理、校内卫生保洁及楼宇管理、绿化养护、防台防汛、班车运行、餐饮供给保障、办公用品采购管理、学生住宿管理、洗浴洗衣服务、家属区住宅物业等方面职能。

管理处目前下设五个行政科室，即综合管理科、基建管理科、校园管理科、餐饮管理科、物资管理科，共有教职工46人。